Строительство храма было начато в 1996 году как воссоздание легендарной многоминаретной мечети столицы Казанского ханства, центра религиозного просвещения и развития наук Среднего Поволжья XVI столетия. Мечеть была разрушена в октябре 1552 года во время штурма Казани войсками Ивана Грозного.
Названа в честь ее последнего имама сеида Кул-Шарифа, одного из предводителей обороны Казани.